寺院始建于1295年，比夏河拉卜楞寺早400多年，是安多地区最古老的佛教寺院，在拉卜楞寺创建之前，禅定寺一直在甘南藏族地区的宗教、文化等方面占据着主导地位，就其在历史上的影响和地位，也仅次于拉卜楞寺。

据史料记载，公元十三世纪末，西藏萨迦第四世祖师贡噶坚参的侄儿萨迦法王八思巴应元世祖忽必烈召见，在前往内地途中，取道卓尼。八思巴见此地山清水秀，古木参天，认为在此地修寺院，对弘扬佛法必有裨益。于是八思巴选定寺址，主持并委派萨迦格西于元贞年修成部分经堂、佛殿，井进行了隆重的开光仪式。至明永乐年间，已逐渐成为安多地区萨迦教派的宗主寺。

清康熙四十九年，朝廷颁赐“禅定寺”匾额，正式设立僧纲衙门为寺院政教的虽高权力机构，规定卓尼杨土司逢弟兄二人时，一人继任土司职务，另一人为禅定寺僧纲；土司单传时，则可身兼二职，总领政教大权于一身。禅定寺改宗后分别修建了参尼、居巴、萨里畦、歉巴四扎仓（学院），僧众最多时达3800余人，下辖洮、岷、迭、宕108座寺院。

禅定寺在历史上屡遭劫难，尤其民国十七年战乱中，所藏《甘珠尔》、《丹珠尔》经版被焚。文革期间，禅定寺再遭洗劫，变成一片废墟。1980年，落实了宗教政策，禅定寺得到重建，现又恢复一定规模，有参尼扎仓（显宗哲学院）、居巴扎仓（密宗学院）、萨里哇扎仓（天文历算学院）、歉巴扎仓（法舞学院），藏文佛教经典和文物也日渐丰富。

禅定寺座落于卓尼县城洮河北岸的台地上，背依阿米日公大山（当地俗称大山神），俯临洮水，隔河与县城南山郭雅川静修院相望。寺院始建于1295年，比夏河拉卜楞寺早400多年，是安多地区最古老的佛教寺院，在拉卜楞寺创建之前，禅定寺一直在甘南藏族地区的宗教、文化等方面占据着主导地位，就其在历史上的影响和地位，也仅次于拉卜楞寺。